Hijo de Henry Fonda, protagonista de la mítica Easy Rider (1969), que cumplía este verano su 50º aniversario.
El primer papel cinematográfico orientado a la contracultura de Fonda fue como motorista en la película de serie B de Roger Corman, The Wild Angels (1966). Fonda luego interpretó al protagonista masculino en la popular película de 1967, también de Corman, The Trip, una versión de la experiencia y las «consecuencias» de consumir LSD, escrita por Jack Nicholson.
Sus hazañas también inspiraron canciones. En su undécimo cumpleaños, accidentalmente se disparó en el abdomen y casi muere. Fue a la estación india de Nainital y se quedó unos meses para recuperarse. Años más tarde, se refirió a este incidente mientras estaba con John Lennon y George Harrison, a través de su amistad con miembros de la banda The Byrds, mientras tomaba LSD: «Sé lo que es estar muerto». Esto inspiró la canción de los Beatles She Said She Said. En 1966, fue arrestado en los disturbios de Sunset Strip. La banda Buffalo Springfield protestó por el uso del incidente en su canción For What It’s Worth. Fonda, aunque poco, también cantó, en 1968 grabó November Night, un sencillo escrito por Gram Parsons para el sello Chisa.
Cuando se hizo realmente conocido fue por la película de 1969 Easy Rider, que coescribió y protagonizó. Esa película le valió una nominación al Premio de la Academia al Mejor Guión Original. El actor, precisamente, tenía programado hacer los comentarios de apertura en Easy Rider Live, un evento del 20 de septiembre en el Radio City Music Hall de Nueva York para celebrar el 50 aniversario de la película. También obtuvo una nominación al Mejor Actor en los Oscar por Ulee’s Gold de 1997.
